Berdasarkan Peraturan Walikota Nomor 87 Tahun 2019 Tentang Kedudukan, Struktur Organisasi, Tugas Pokok, Fungsi, Uraian Tugas dan Tata Kerja Dinas Pangan, Pertanian dan Perikanan Kota Pontianak, Struktur organisasi Dinas Pangan, Pertanian, dan Perikanan Kota Pontianak adalah sebagai berikut:
- Kepala Dinas.
- Sekretaris.
- Kepala Sub Bagian Umum dan Aparatur;
- Kepala Sub Bagian Perencanaan;dan
- Kepala Sub Bagian Keuangan.
- Kepala Bidang Ketersediaan, Distribusidan Konsumsi Pangan.
- Kepala Seksi Ketersediaan Pangan;
- Kepala Seksi Distribusi Pangan;dan
- Kepala Seksi Konsumsi Pangan.
- Kepala Bidang Pertanian.
- Kepala Seksi Tanaman Pangan dan Hortikultura;dan
- Kepala Seksi Sarana Prasarana Pertanian dan Penyuluhan.
- Kepala Bidang Peternakan.
- Kepala Seksi Produksi Peternakan dan Kesehatan Hewan;dan
- Kepala Seksi Kesehatan Masyarakat Veteriner.
- Kepala Bidang Perikanan.
- Kepala Seksi Perikanan Tangkap;dan
- Kepala Seksi Perikanan Budidaya.
- Kepala Unit Pelaksana Teknis Dinas.
- Kelompok Jabatan Fungsional Tertentu.
